جزوه تایپ شده فرایندهای پتروشیمی
:
: -: : ’’’’’: : این زیرواحدهاست .
در ص: 5 زیرواحد ε :خاصیت اگزونوکلئازي’5 ’3 که همان خاصیت Proof Reading است را دارد .
آنزیمهاي لازم جهت همانندسازي :
– : – ((: – ( ) : ؛ :
) : ) : – () : () :
) ( )+( ) : ) ( )-( ) : -(+) -(-) :
) : (-) ( .)
) : (+) (-) (-) : ً : – () : ُُ(‘‘) 
’’’() ’’’-: () ُُُُ-’’ُُُُ: : ’’- ُُ’’: : ً ’’’’) )، ًً ) ) :
) )
:
: () () : () : : ’) ) : – : ” ، ‘ ، اضافهشدن 2 عدد DNA ، (holo enzyme) DNA pol. IIIلیگاز ، DNA pol. I ، توپوایزومراز و SSBP به پرایموزوم ،ریپلیزوم ایجاد میشود .
در هر چنگال همانندسازي یک ریپلیزوم وجود دارد که در خلاف جهت ریپلیزوم دیگر در چنگال همانندسازي مقابل حرکت میکنند .
همانند سازي در یوکاریوتها :
بین همانندسازي در یوکاریوتها و پروکاریوتها تفاوتهایی وجود دارد. در پروکاریوتها ساختارهایی مثل نوکلئوزوم ،کروماتین و کروموزوم وجود ندارد؛ زیرا در آنها DNA کوچک است و فقط در یک ناحیه به نام »نوکلئوئید« متصل به غشاي هسته است. ولی در یوکاریوتها، خود DNA به اوکتامرهاي هیستونی متصل است که فیبرهايnm 30 میدهد. این فیبرها ،ساختارهايnm 300 و آنها نیز ساختارهايnm 700 را تشکیل میدهند و در نهایت ساختار کروموزوم و کروماتین را ایجاد میکنند .
عمل هیستونها: هیستونها پروتئینهایی هستند که داراي گروه آمین( +3NH) میباشند. به دلیل داشتن بار مثبت به DNA که داراي بار منفی است متصل میشوند. در یوکاریوتها، آنزیمهایی مانند : هیستون استیلاز، هیستون متیلاز و هیستون فسفریلاز وجود دارند که به ترتیب گروه استیل، متیل و فسفات را به آمینهیستونها متصل میکنند و () ؛ (). ) »()«) –) »«) () ؛ () ) ) ؛ () () ’’ + + + + +
’ ’ – – + + +
’ ’ – + – – –
() : – !
:
-: () -: –: ’( ’) ’( ’) –: ’( ’) –: * ! ؟
) ))(: : -(»«) – : ’) ) – ) ) – – ) ) – ) ) ()
() : »« ؛ :
(: ) ) : ()() 
:
’’:
) : ) : ؛ ’) : : %-:
:
) : ) : ) ) »«) : : » « »( «) »« »« ( ≡) ( .-)
) : ً 5 -فلورو اوراسیل-FU 5 () که مانع از سنتز تیمیدین میشود و Allu purinol که مانع سنتز پورینها مانند A و G میگردد و متوترکسات(Meto traksat) که از سنتز پورینها و پریمیدینها جلوگیري میکند .
نسخهبرداري( Transcription) : به معناي ساخت الگویی از روي رشتهي DNA است .
تفاوتهاي نسخهبرداري با همانندسازي :
1) همانندسازي نیمهحفاظتی بوده ولی نسخهبرداري حفاظتی است .
2) همانندسازي روي کل ژنوم انجام میشود در صورتی که نسخهبرداري از روي نواحی خاصی از DNA به نام ژن انجام می-شود .
3) عمل همانندسازي بسیار دقیق است و اشتباه در آن کمتر رخ میدهد (به دلیل وجود آنزیمهاي ’5 ’3 اگزونوکلئاز
(خاصیت proof reading)) ، ولی در نسخهبرداري این آنزیمها وجود جزوه فرایندهای پتروشیمی و احتمال اشتباه بیشتر است .
4) همانندسازي هم به صورت پیوسته و هم ناپیوسته انجام میشود ولی نسخهبرداري فقط به صورت پیوسته انجام میگردد .
که در RNA به جاي U ،T قرار میگیرد .
فاکتورهاي لازم براي سنتز RNA :
(Permission )دستور -1
4- آنزیمها
مشخصات ژن پروکاریوتی :
ناحیهي شروع در پروکاریوتها توالی خاصی است که در همه یکسان است و با علامت (-) نشان داده میشود. (جفت بازهاي قبل از ناحیهي شروع)
ناحیهي شروع(Promotor) داراي دو ناحیهي 01- و 53 – است. در ناحیهي -10 توالی TATA box یا Pribnow box وجود تا 53- ، 51 تا 71 باز آلی قرار میگیرد که اگر تعداد آنها کم یا زیاد شود، کارایی Promotor نیز کم میشود. خصوصاً اگر در ناحیهي TATA box تغییر در بازها رخ دهد، کارایی ژن کم میشود و تنظیم بیان ژن کاهش مییابد .
آنزیمRNA پلیمراز: در پروکاریوتها فقط یک نوع وجود دارد در حالی که در یوکاریوتها چند نوع آنزیم دخیل است .
در پروکاریوتها آنزیم از چند مونومر ساخته شده است( α2ββ’ω (هسته اصلی آنزیم)) که به همراه σ (سیگما) ،هولوآنزیمRNA پلیمراز یا آنزیم کامل نامیده میشود. عمل اصلی یعنی سنتز و پلیمریزاسیون را زیر واحد β انجام میدهد .
عمل σ شناسایی توالی TATA است و باعث حرکت RNAپلیمراز به سمت ناحیهي پروموتور میشود. دیگر زیرواحدها(β‘ ، α و ω) مانع از روي هم افتادن دو رشتهي DNA جدا از هم میشوند .
شود .
میشود .
مراحل نسخهبرداري(Transcription) :
1) شروع( Recognition & Initiation) : در مرحلهي شروع فاکتور σ که جدا از جزوه فرایندهای پتروشیمی است، ناحیهي TATA را شناسایی میکند و میل آنزیم RNA پلیمراز را به ناحیهي پروموتور افزایش میدهد. سپس آنزیم روي این قسمت قرار میگیرد.
تمام اعمال بازکردن دو رشتهي DNA و پیچهاي اضافی را خود RNA پلیمراز انجام میدهد. وقتی آنزیم در این ناحیه قرار گرفت، 01- تا 01+ باز آلی را باز میکند .سپس از ناحیهي شروع 01 نوکلئوتید از RNA سنتز میشود. با این عمل مرحلهي شروع کامل میشود .
میشود و این باز معادل اولین بازي است که در انتهاي ’ RNA5 قرار میگیرد .
2) ادامه و طویل شدن زنجیره( ) : ()، ) ( ) : – :
) ) ()- ؛ ()، () نوکلئوتیدي از انتهاي تخمینی رشتهي RNA قرار دارد .
توالی غنی از (U)n در انتهاي ’3 سنجاق سر قرار دارد. با رسیدن RNA پلیمراز به این ناحیه، نسخه برداري متوقف میشود. در واقع تشکیل ساختمان-
میشود .
– در حالت وابسته به فاکتور ρ : وقتی آنزیم به انتهاي ژن میرسد، در RNAتوالیهاي غنی از (C)n و فقیر ازG وجود دارد. فاکتور ρ پروتئینی هگزامر با خاصیت ATPase است و 3 تا 6 ATP میتواند به آن متصل شود. در جهت ’3 ’5 حرکت میکند و
RNA را به دور خود میپیچاند و با هیدرولیزATP ، RNA را از داخل ژن بیرون میکشد. در واقع با خاصیت هلیکازي وابسته به ATPخود، پیوندهاي هیدروژنی بین DNA و RNA را میشکند و باعث جدا شدن RNA از ژن میشود .
اما در یوکاریوتها علاوه بر نواحی TATA ، نواحی دیگري نیزدر دوردست وجود دارند که به عنوان عوامل افزاینده یا کاهنده روي DNA اثر میکنند و باعث افزایش یا کاهش بیان ژن میشوند. به طور خلاصه میتوان گفت در پروکاریوتها عوامل کمتري روي نسخه برداري ژن تأثیر میگذارند در صورتی که در یوکاریوتها بیش از 01 نوع فاکتور و آنزیم وجود دارد .
– از دیگر تفاوتها میتوان آنزیمها را نام برد. در پروکاریوتها فقط یک نوع آنزیم اعمال ()، :
: (. )- : () – : = : () -: ’’: ( ) : -= ، ؛ – : (& )( -) ً () ،»« ( )، ( ) -–- * : ؛ -؛ : () –×ً ×* : (-( ) ) ) ) -* : ( ) اصلیِ سنتز بیشتر hn-RNAها است و معموًلاً 4 یا 5 توالی مختلف روي آن وجود دارند، در ناحیهي Up Stream ژن
قرار گرفته است. یکی از این توالیها توالی تاتا(TATA) است که معمولاً در پروموتور اکثر آنزیمهاي RNAپلیمراز نوع II وجود دارد و محل آن ناحیهي 52- تا 53- است. (جایگاه آن در انواع مختلف آنزیم کمی متفاوت است).
توالیهاي شروعکننده یا Initiator Sequences در ناحیهي 1+ قرار دارند که این توالیها در برخی از پروموتورهاي آنزیم RNA Pol. II وجود دارند. توالی CAAT box در ناحیهي 06- تا 08- قرار دارد که توسط یک TF (فاکتور ) ) ) – – ِ ًً () ( ) ًً – – ().